Il Trissino stesso progettò e seguì i lavori quale dilettante architetto, inserendo tra le quattro torri angolari, che racchiudono le finestre, la facciata ornata da lesene di ordine jonico al piano terra e corinzio al primo piano.

Il committente era uomo di lettere e aveva in progetto di realizzare presso la sua villa un'Accademia classica nella quale formare le nuove menti impostate all'ideale umanistico dell'uomo universale.

Secondo la tradizione, durante i lavori della villa il Trissino incontrò un modesto tagliapietre, tal Andrea della Gondola, che accolse sotto la sua protezione e ribattezzatolo Palladio gli diede le basi per la sua formazione culturale.